武汉儿童医院成立于1954年12月26日，是新中国最早成立的儿童医院之一。2003年9月与武汉市妇幼保健院合并成立武汉市妇女儿童医疗保健中心。2016年8月，挂牌华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院/第六临床学院。2018年10月，获批湖北省儿童医疗中心。

医院已形成“一院三区”的发展格局，编制床位2660张（香港路院区2000张，沌口院区660张），光谷院区已正式开工，设计床位700张，职工3200余人，其中卫生技术人员占比88.15%，医师中高级职称占比65.78%，硕博士占比82.25%。最高年门急诊量307万人次，出院量10.96万人次，手术量4.1万余人次，分娩量1.2万人。

医院综合实力稳居全国儿科第一方阵，是中华医学会儿科学分会和小儿外科学分会全国委员单位，中华医学会放射学分会儿科学组组长单位、中华医学会儿科学分会神经学组副组长、中华医学会病理分会儿科学组副组长单位、中国医院协会儿童医院管理分会副主委单位，福棠儿童医学发展研究中心的发起单位及副理事长单位，中国儿科发展联盟首届常务理事单位。

医院专科设置齐全，技术力量雄厚，设有51个临床科室和16个医技科室，拥有国家级重点（建设）专科3个、省级重点（建设）专科26个、市级重点（建设）专科38个。拥有第四代达芬奇手术机器人、3.0T MRI、双源高档螺旋CT、SPECT等一批先进的诊疗设备。医院拥有十大临床诊疗中心，是全国首个“国家级限制类技术人工智能辅助治疗技术临床应用规范化培训基地（小儿外科和妇科手术机器人培训基地）”、国家出生缺陷干预救助示范基地、全国罕见病诊疗协作网成员单位、全国日间手术联盟副主席单位、湖北省儿童白血病救治定点医疗机构。

2016年，医院牵头成立湖北省儿科医疗联盟，现有联盟单位236家，构建了全省“1+17+N”儿科分级诊疗新格局。医院作为湖北省儿科医疗质控中心组长和湖北省医院协会儿童医院(儿科)分会主委单位，通过开展儿科质量督查、巡讲，引领全省儿科高质量同质化发展。

医院坚持“科教兴院”办院方针，成立妇女儿童健康研究所，搭建全院科研平台。先后在新英格兰杂志、JAMA等国际顶级期刊发表高质量研究论文500余篇，最高影响因子达74分。现有博导4人，硕导60人，是华中科技大学同济医学院第六临床学院、儿科学系副主任单位，2019年成为市属首家华中科技大学硕士研究生独立招生单位，同时还是江汉大学儿科临床学院、湖北中医药大学、武汉科技大学、湖北医药学院等高校的教学基地，承担博、硕士研究生、临床医学本科和实习教学工作。医院是国家级住院医师规范化培训基地，拥有儿科、儿外科、妇产科、检验医学科、康复医学科和放射科等6个专业基地。医院积极打造学术交流品牌，连续举办十届长江妇儿医学发展大会，已成为国内知名的大型妇儿专科学术论坛之一。医院积极开展国际合作与交流，不断拓展合作领域，先后与德国、美国等国家的10余所大学和医疗机构建立了长期合作关系。

医院坚持“慈善办院”理念，2017年，倡导成立“阳光宝宝”慈善救助公益基金，8年来，累计汇聚50余家慈善机构和单位，救助贫困大病患儿1.2万余人次。

2020年，医院被授予市属医疗机构唯一一家“全国文明单位”荣誉称号。近年来，医院还先后被授予“全国百佳医院”“全国爱婴医院”“全国三八红旗集体”“全国五一巾帼标兵岗”“全国人文医院”“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”“湖北五一劳动奖状”“湖北省最佳文明单位”等荣誉称号。